Sådan reagerer planter på forskellige lyscyklusser:
1. Dagtid (Lysfase) :I løbet af dagen, når de udsættes for lys, gennemgår planter fotosyntese, den proces, hvorved de omdanner lysenergi til kemisk energi. De åbner deres stomata (porer på bladene) for at tillade indtagelse af kuldioxid og frigive ilt. Det cirkadiske ur regulerer ekspressionen af gener involveret i fotosyntesen og sikrer, at disse processer optimeres i lysfasen.
2. Nattid (mørke fase) :Om natten, når det er mørkt, skifter planterne til andre processer såsom vækst, respiration og opbevaring af energireserver. Stomata lukkes for at forhindre vandtab gennem transpiration. Det cirkadiske ur regulerer ekspressionen af gener, der er involveret i disse natlige processer, og sikrer, at de forekommer på det passende tidspunkt.
3. Cirkadisk rytme: Plantens cirkadiske ur er en intern mekanisme, der giver dem mulighed for at forudse og reagere på de daglige ændringer i lys og mørke. Det er ikke direkte påvirket af eksterne tidszoner, da det er baseret på plantens iboende biologiske rytme.
4. Fotoperiodisme: Nogle planter udviser fotoperiodisme, som er deres reaktion på varigheden af dagslængden. Kortdagsplanter (f.eks. julestjerne) blomstrer, når dagslængden er kortere end en kritisk tærskel, mens langdagsplanter (f.eks. dagliljer) blomstrer, når dagslængden er længere end en kritisk tærskel. Det cirkadiske ur spiller en rolle i fotoperiodisme ved at måle dagslængde og udløse passende fysiologiske reaktioner.
Sammenfattende har planter et internt cirkadisk ur, der regulerer deres fysiologiske og adfærdsmæssige processer som reaktion på lys og mørke cyklusser, snarere end at arbejde på forskellige tidszoner som mennesker.