Der er flere argumenter for datagennemsigtighed. For det første giver det andre forskere mulighed for at verificere og replikere undersøgelser. Dette er væsentligt for den videnskabelige proces, da det er med til at sikre, at resultaterne af undersøgelser er nøjagtige og pålidelige. For det andet kan datagennemsigtighed hjælpe med at identificere fejl eller skævheder i undersøgelser. Dette er vigtigt for at forhindre spredning af misinformation og for at sikre, at offentligheden træffer informerede beslutninger baseret på nøjagtige videnskabelige beviser. For det tredje kan datagennemsigtighed være med til at fremme samarbejdet mellem forskere. Ved at dele data kan forskere bygge videre på hinandens arbejde og gøre flere fremskridt, end de kunne arbejde alene.
Der er dog også nogle argumenter imod datagennemsigtighed. En bekymring er, at det kan føre til misbrug eller fejlfortolkning af data. For eksempel kan folk, der ikke er fortrolige med økologiske forskningsmetoder, måske ikke forstå, hvordan de skal fortolke dataene korrekt. Dette kan føre til, at de drager forkerte konklusioner eller træffer beslutninger baseret på mangelfulde beviser. En anden bekymring er, at datagennemsigtighed kan gøre det lettere for folk at stjæle eller plagiere forskning. Dette kunne afskrække forskere fra at dele deres data, hvilket ville hindre videnskabens fremskridt.
I sidste ende er beslutningen om, hvorvidt data skal gøres offentligt tilgængelige eller ej, en kompleks beslutning. Økologer skal afveje fordelene ved datagennemsigtighed mod risici, før de beslutter, hvad der er bedst for deres forskning.
I de senere år har der været en voksende konsensus til fordel for datagennemsigtighed. Mange tidsskrifter kræver nu, at forfattere indsender deres data sammen med deres manuskripter, og der er en række online-depoter, hvor data kan deles. Denne tendens vil sandsynligvis fortsætte, efterhånden som fordelene ved datagennemsigtighed bliver mere almindeligt anerkendt.