LCLS-anlægget består af en 2 kilometer lang lineær accelerator, der genererer højenergielektronstråler. Disse elektroner ledes derefter ind i en række undulatormagneter, som får dem til at udsende røntgenstråler på en sammenhængende, synkroniseret måde. De resulterende røntgenlaserimpulser er utrolig korte og varer kun et par femtosekunder (et femtosekund er en milliontedel af en milliardtedel af et sekund).
En af de unikke egenskaber ved LCLS er dens evne til at producere røntgenlaserimpulser med ekstrem høj rumlig sammenhæng. Det betyder, at bølgerne af lys i laserstrålen er præcist synkroniserede, hvilket gør det muligt for forskere at få detaljerede billeder af atomer og molekyler. Dette niveau af sammenhæng er afgørende for mange videnskabelige eksperimenter, såsom at bestemme strukturen af proteiner eller studere dynamikken i kemiske reaktioner i realtid.
LCLS er blevet brugt til at gøre banebrydende opdagelser inden for forskellige videnskabelige områder. For eksempel har det gjort det muligt for forskere at observere atomstrukturen af vira og proteiner i hidtil uset detalje, spore atomernes bevægelse under kemiske reaktioner og forstå materialers opførsel under ekstreme forhold.
Ud over dets videnskabelige anvendelser er LCLS også blevet brugt til kunstneriske formål. I 2016 skabte en gruppe forskere fra SLAC og University of California, Berkeley, et nanoskala-portræt af Mona Lisa ved hjælp af LCLS-genererede røntgenlaserimpulser. Portrættet, som er den mindste afbildning af det berømte kunstværk, der nogensinde er skabt, måler kun 3 mikrometer (en mikrometer er en milliontedel af en meter) i størrelse.