Ny indsigt i valg af passende primere og databaser ved sekventering af jordnematoder-DNA

Jordnematoder repræsenterer en vigtig bestanddel af jordsamfund i terrestriske økosystemer og spiller en vigtig rolle i regulering af næringsstofkredsløb og jordsundhed. High-throughput sekventeringsteknologi bruges i stigende grad i studiet af nematodes biodiversitet. En nylig undersøgelse viser, at udvælgelsen af ​​forskellige primere og databaser påvirkede annoteringen af ​​nematode-taxa, men mangfoldigheden af ​​nematodesamfundet viste konsistente mønstre blandt forskellige vegetationstyper.

Undersøgelsens resultater understreger, at det er nødvendigt at udvælge passende primere og databaser i henhold til det taksonomiske målniveau. Fundet dukkede op i Soil Ecology Letters .

Fremkomsten af ​​high-throughput sekventering har fuldstændigt transformeret området for molekylær taksonomi, det kan fange flere detaljer om biodiversitet. Selvom high-throughput sekventeringsteknologi har været i brug i mere end ti år, vil valget af primere og databaser påvirke sekventeringsresultaterne. Ikke desto mindre har få undersøgelser udtømmende evalueret den kombinerede virkning af forskellige primere og databaser på identifikation af nematodesamfund.

Changbai-bjerget byder på det største højdeområde af velbevarede skovhabitater i det nordøstlige Kina. Langs højdegradienten har variable miljøforhold såsom temperatur, jordfugtighed og jordens pH resulteret i en åbenlys tendens til biodiversitet. Forskellene i mangfoldighed og sammensætning af jordnematodesamfund i Changbai-bjerget udgør således en ideel platform til at verificere indflydelsen af ​​forskellige primere og databaser på annoteringen af ​​nematodesekventering.

Undersøgelsen sammenlignede to par primere (3NDf/C_1132rmod og NF1F/18Sr2bR) og tre databaser (NT_v20200604, Silva138/18s Eukaryota- og PR2_v4.5-databaser) for at undersøge nematodesamfundene i forskellige elevationstyper af vegetation langs Changbai-bjerget.

For 3NDF-primer var antallet af annoterede taxa forskelligt blandt de tre databaser på slægts- og artsniveauer; mens der for NF1F-primer blev fundet signifikante forskelle på familieniveau blandt de tre databaser. Blandt forskellige databaser blev der også opdaget forskelle i nematode taxa.

Jo finere det taksonomiske niveau var, jo færre taxa blev delt af de tre databaser. Fordelingsmønstrene for nematodediversitet opnået af forskellige primere og databaser var ens blandt forskellige vegetationer. Derfor bør vi, når vi vælger primere og databaser, være mere opmærksomme på klassificeringsniveauet i henhold til vores faktiske behov. Med hensyn til annotationseffekt i denne undersøgelse kunne 3NDF-primere med NT-database give mere information end andre kombinationer på slægts- eller artsniveau.

Denne undersøgelse tyder på, at når hovedmålet er undersøgelse af artssammensætning og taksonomi, lider sekventeringsmetoden stadig af dårlig konsistens, så traditionel mikroskopisk identifikation er stadig uundværlig. Derfor er der behov for yderligere validering og undersøgelser i fremtiden for at sammenligne konsistensen af ​​de morfologiske og molekylære metoder til bunds. På trods af den hurtige udvikling af molekylære teknikker har nogle databaser desuden stadig ufuldstændige oplysninger. I fremtiden bør vi supplere flere primere og databaseoplysninger for yderligere at forbedre nøjagtigheden af ​​molekylær analyse i nematode-økologisk forskning. + Udforsk yderligere

Forskere udvider entomologisk forskning ved hjælp af genomredigering