Hvilke mikrober lever i din tarm? En mikrobiolog prøver hjemme-testsæt for at se, hvad de afslører om mikrobiomet

Når du hører om tarmmikrobiomet, får det dig så nogensinde til at spekulere på, hvilke små skabninger der vrimler inde i din egen krop? Som mikrobiolog, der studerer mikrobiomer af planter, dyr og mennesker, har jeg set offentlig interesse for tarmmikrober vokse sammen med forskning i deres mulige dramatiske indflydelse på menneskers sundhed. I de sidste mange år er mikrobiomtestningsteknikker brugt af forskere som mig nu tilgængelige for forbrugere derhjemme. Disse personlige testsæt for tarmmikrobiom hævder at fortælle dig, hvilke organismer der lever i din tarm, og hvordan du forbedrer dit tarmmikrobiom ved hjælp af disse data.

Jeg blev meget interesseret i, hvordan disse hjemmetestsæt fungerer, hvilken slags information de giver, og om de virkelig kan hjælpe dig med at ændre dit tarmmikrobiom. Så jeg bestilte et par sæt fra Viome, Biohm og Floré, prøvede dem og gennemsøgte mine egne mikrobiomdata. Her er, hvad jeg lærte.

Hvordan fungerer tarmmikrobiomsæt?

Alle tarmmikrobiomsæt kræver, at du omhyggeligt indsamler frisk fækalt materiale. Du putter det i de forskellige rør, der er inkluderet i sættet, og sender prøverne tilbage til virksomheden. Flere uger senere vil du modtage en rapport, der beskriver de typer af mikrober, der lever i din tarm, og forslag til, hvordan du ændrer din kost eller aktiviteter for potentielt at ændre dit tarmmikrobiom.

Hvad forbrugerne ikke præcis ved, er, hvordan virksomheder genererer de mikrobielle profildata fra din afføringsprøve. En typisk tilgang, jeg og andre mikrobiomforskere bruger, er at udtrække og afkode det mikrobielle genetiske materiale fra en prøve. Vi bruger det genetiske materiale til at identificere, hvilke arter af mikrober der er til stede. Udfordringen er, at denne proces kan gøres på mange forskellige måder, og der er ingen almindeligt aftalte standarder for, hvad der er den bedste metode.

For eksempel kan mikrobiomanalyser udføres på to typer genetisk materiale, RNA eller DNA. Hvis profilen er baseret på DNA, kan den kun give dig et øjebliksbillede af, hvilke typer mikrober der er til stede, ikke hvilke mikrobielle gener der er aktive, eller hvilke aktiviteter de udfører i din krop. På den anden side, hvis profilen er baseret på RNA, kan den fortælle dig, ikke kun hvilke mikrober der er til stede, men også om de spiller en rolle i din fordøjelse eller producerer metabolitter, der blandt andet kan reducere tarmbetændelse. Viome genererer sine profiler ved at se på RNA, mens de andre virksomheder bruger DNA.

Andre dataanalysevalg, såsom hvordan forskellige typer genetiske sekvenser sorteres, eller hvilke databaser der bruges til at identificere mikroberne, kan også påvirke detaljeringsgraden og anvendeligheden af ​​de endelige data. Mikrobiomforskere er normalt meget omhyggelige med at påpege disse nuancer, når de fortolker deres egne data i videnskabelige artikler, men disse detaljer er ikke tydeligt præsenteret i hjemmemikrobiomsæt.

Hvad jeg lærte om mit tarmmikrobiom

Selvom jeg brugte den samme afføringsprøve til hvert sæt, blandet godt for at sikre ensartethed, var jeg overrasket over, at hvert af de tre produkter, jeg prøvede, gav mig forskellige indtryk af mit tarmmikrobiom.

Hver virksomhed giver en samlet "score" på, hvordan dit mikrobiom er sammenlignet med, hvad de anser for at være "godt" eller "sundt." Mine resultater varierede fra 39 % (ikke fantastisk) til 72 % (god). Interessant nok gav Viome, som udleder mikrobiel aktivitet ved at bruge RNA, den laveste score. Den bemærkede, at visse mikrobielle aktiviteter, der sker i min tarm, såsom metanproduktion og fordøjelseseffektivitet, ikke var optimale.

Jeg var også overrasket over variationen i den samlede mikrobielle mangfoldighed, som hver virksomhed rapporterede. Mens der var generel enighed i de overordnede grupper af mikrober til stede på phylum-niveau, en mere generel biologisk gruppering, var der en enorm variation på artsniveau, den mest specifikke gruppering. En virksomhed rapporterede 527 arter af mikrober i mit mikrobiom, mens en anden rapporterede 312. En rapporterede kun 27.

Det måske mest overraskende og mest overraskende fund var, at min tarm kan rumme en mikrobe, der kan (der er mange forbehold her!) udgøre et problem for mig i fremtiden, hvis jeg oplever visse medicinske situationer. Selvom alle virksomheder eksplicit ledte efter denne mikrobe i min tarmmikrobiomprøve, fandt kun to den faktisk. Selvom jeg ikke vil nævne den nøjagtige mikrobe for at beskytte mit helbreds privatliv, er jeg ikke så bekymret over dette resultat, fordi mere information, såsom fuld genomsekventering af mikroben, er nødvendig for bedre at forstå, om dette faktisk er en bekymrende stamme af denne mikrobe. Men dette fund peger på en overraskende variation i resultaterne på tværs af forskellige testsæt.

Kan disse data virkelig forbedre dit tarmmikrobiom?

Many microbiome scientists like me would probably argue that the data these kits provide are limited in terms of giving you the power to alter your health. This is partly because gut microbiome science is still a new field with many unanswered questions.

One challenge is that different people can have different proportions of microbes present in their gut. This variation has made it difficult for scientists and health professionals to agree on what type of microbial community makes a gut "healthy." Some specific species, such as the bacterium C. diff , and some broad groups, like Proteobacteria, are usually considered undesirable in high amounts. But there is no clear consensus on why one microbiome might be better than another.

Even if you did try to improve your gut microbiome based on what your gut test told you, the results might not turn out as you hoped. Probiotics or diet changes can alter the diversity of your gut microbiome and how it functions, but studies often find that each person can have different responses to these interventions, possibly because of their own unique microbiome composition. The personalized ecology of gut microbial communities, combined with genetics, diet and other factors, makes it challenging to prescribe universal solutions.

So why bother getting a gut microbiome test? For me, it was illuminating to learn what microbes I carry around with me each day. When I eat my lunch, go for a run or get stressed out, the microbes in my gut respond to changes in my body. Researchers may not completely understand what those changes mean and how to manage our microbial partners, but getting to know who they are is a great first step.