Det er udfordrende nøjagtigt at skelne mellem mandlige og kvindelige Protoceratops udelukkende baseret på observerbare træk. I modsætning til visse arter, hvor seksuel dimorfi er tydelig i størrelse eller fysiske egenskaber, udviser Protoceratops ikke åbenlyse ydre forskelle mellem kønnene. Derfor kan det være svært at bestemme køn af Protoceratops uden omfattende videnskabelig analyse.