Her er en sammenbrud:
* endonucleaser: Dette er enzymer, der spalter phosphodiesterbindinger i en polynukleotidkæde (som DNA eller RNA). De arbejder "inde i" molekylet, i modsætning til eksonukleaser, der fungerer i enderne.
* begrænsningsenzymer: Dette er en specifik type endonuklease, der genkender og skærer DNA ved specifikke sekvenser kendt som restriktionssteder.
Da restriktionsenzymer er en specialiseret gruppe af endonukleaser, der spalter DNA internt, omtales de korrekt som endonukleaser.