* Evolutionær bevaring: Proteiner med lignende funktioner konserveres ofte på tværs af forskellige arter på grund af evolutionært tryk. Over tid vælges mutationer, der forstyrrer et proteins funktion mod, mens mutationer, der opretholder eller forbedrer funktionen, favoriseres. Dette resulterer i lignende proteiner med lignende sekvenser på tværs af forskellige organismer.
* Strukturfunktionsforhold: Aminosyresekvensen bestemmer et proteins tredimensionelle struktur, som igen bestemmer dens funktion. Lignende sekvenser fører ofte til lignende strukturer, hvilket fører til lignende funktionaliteter.
Der er dog nogle vigtige advarsler:
* Lighedgrad: Jo mere ens sekvenser er, desto mere sandsynligt er det, at de har lignende funktioner. Tæt beslægtede arter vil ofte have meget lignende proteinsekvenser med næsten identiske funktioner. Imidlertid kan proteiner fra fjernt relaterede arter stadig have lignende funktioner, men sekvensligheden kan være lavere, og der kan være funktionelle forskelle.
* Funktionel divergens: Selv hvis to proteiner har meget lignende sekvenser, kan de have lidt forskellige funktioner. Dette kan skyldes subtile forskelle i struktur eller interaktion med andre molekyler.
* Kontekstafhængig funktion: Et proteins funktion kan også påvirkes af dets cellulære kontekst, såsom tilstedeværelsen af andre proteiner eller det miljø, det er i. Dette kan føre til forskelle i funktion, selvom proteinsekvenserne er meget ens.
Eksempler:
* insulin: Insulin er et hormon, der regulerer blodsukkerniveauet. Det har en bemærkelsesværdig lignende struktur og funktion hos mennesker, svin og andre pattedyr, selvom disse arter divergerede millioner af år siden.
* cytochrome C: Dette protein er involveret i cellulær respiration. Dens sekvens er meget konserveret på tværs af en lang række organismer, hvilket afspejler dens væsentlige funktion.
Kortfattet: Selvom det ikke er garanteret, har proteiner med lignende aminosyresekvenser ofte lignende funktioner, især når de kommer fra tæt beslægtede arter. Det er dog vigtigt at overveje graden af lighed, potentiel funktionel divergens og den cellulære kontekst, når man tager sådanne antagelser.