1. Tredimensionel struktur:
Strukturelle formler er typisk tegnet på et todimensionalt plan, som ikke fanger det tredimensionelle arrangement af atomer i et molekyle. Denne begrænsning er især vigtig for komplekse molekyler med indviklede rumlige strukturer. Mange funktioner, såsom molekylær form, bindingsvinkler og rumlige orienteringer, er ikke tydelige i en strukturel formel.
2. Klæbningslængder og -vinkler:
Strukturformler giver ikke præcise oplysninger om bindingslængder og bindingsvinkler. Linjerne, der repræsenterer bindinger, er ofte tegnet med lige lange, hvilket ikke altid er tilfældet i rigtige molekyler. Bindingslængder og -vinkler kan variere afhængigt af arten af de involverede atomer og hybridiseringen af orbitaler.
3. Stereokemi:
Strukturformler mangler ofte stereokemiske detaljer, som er afgørende for at forstå det rumlige arrangement af atomer i tredimensionelt rum. Enantiomerer, som er spejlbilleder af hinanden, kan ikke skelnes ved hjælp af en strukturel formel alene. For eksempel angiver mælkesyrens strukturformel ikke, om det er L- eller D-enantiomeren.
4. Elektronfordeling og -binding:
Strukturformler viser ikke eksplicit fordelingen af elektroner i et molekyle eller arten af kemisk binding. De giver ikke information om elektronpar, ensomme par eller de molekylære orbitaler involveret i binding. Dette aspekt er afgørende for at forstå et molekyles elektroniske egenskaber og reaktivitet.
5. Molekylernes dynamiske natur:
Strukturformler fremstiller molekyler som statiske enheder, hvilket ikke er en nøjagtig repræsentation af deres dynamiske adfærd. Molekyler gennemgår konstante vibrationer, rotationer og konformationelle ændringer. Strukturformler kan ikke fange denne dynamiske natur og repræsenterer muligvis ikke den mest stabile eller udbredte konformation af et molekyle.
6. Løsning og interaktioner:
Strukturelle formler afbilder typisk isolerede molekyler, hvorimod molekyler i virkeligheden eksisterer i et miljø omgivet af opløsningsmiddelmolekyler eller interagerer med andre molekyler. Disse interaktioner, såsom hydrogenbinding, dipol-dipol-kræfter og van der Waals-kræfter, er ikke repræsenteret i strukturelle formler.
På trods af deres begrænsninger forbliver strukturformler et nyttigt værktøj til at formidle grundlæggende information om molekylers sammensætning og forbindelse. Det er dog vigtigt at genkende deres begrænsninger og supplere dem med andre repræsentationer, såsom tredimensionelle modeller, elektrondensitetskort og molekylære orbitaler, for at få en mere omfattende forståelse af molekylær struktur og egenskaber.