Gastrointestinal fysiologi og slimhinder:
a) pH og galderesistens:Mavens sure miljø og tilstedeværelsen af galde i tyndtarmen kan være hård for nogle mikrober. Dem udstyret med syretolerance eller galderesistensmekanismer, som visse Lactobacillus og Bifidobacterium arter, kan overleve og kolonisere.
b) Mucin- og Glycocalyx-lag:Tarmslimhindelaget fungerer som en beskyttende barriere mod fremmede stoffer og skadelige mikrober. Nogle mikrober har specialiserede strukturer eller enzymer, der gør dem i stand til at klæbe til slimet eller epitelcelleoverfladen. Denne adhærens giver dem mulighed for at kolonisere og etablere stabile populationer i tarmen.
Mikrobielle interaktioner:
a) Konkurrence om næringsstoffer:Mikrober konkurrerer om næringsstoffer og plads i tarmen. Bakterier med effektiv optagelse og udnyttelse af næringsstoffer kan udkonkurrere andre og blive dominerende, mens mindre dygtige kæmper for at overleve.
b) Kommensale og symbiotiske associationer:Mange tarmmikrober indgår i samarbejdsrelationer med hinanden eller med værten. Probiotiske bakterier kan producere kortkædede fedtsyrer (SCFA'er), der gavner andre commensals, mens de hæmmer væksten af patogene bakterier.
c) Quorum Sensing:Mikrober kommunikerer gennem kemiske signaler for at justere deres adfærd og genekspression. Dette sætter dem i stand til at danne fællesskaber (biofilm), der letter næringsstofopsamling, beskyttelse mod immunresponser og resistens over for antibiotika.
Værtsfaktorer:
a) Immunregulering:Tarmens immunsystem overvåger konstant og skelner mellem gavnlige og skadelige mikroorganismer. Et afbalanceret immunrespons tillader visse mikrober at vare ved, mens patogener elimineres. Hvis immunsystemets respons er dysreguleret, kan det påvirke mikrobiel kolonisering og diversitet.
b) Værtsgenetik:Variationer i human genetik påvirker tarmens mikrobielle sammensætning. Visse gener og genetiske polymorfier kan påvirke næringsoptagelsen, immunresponser og strukturen af tarmmiljøet, hvilket indirekte påvirker hvilke mikrober der trives.
Miljøfaktorer:
a) Kost:Diætvalg har væsentlig indflydelse på sammensætningen af tarmmikrobiota. Indtagelse af præbiotika (ufordøjelige fibre, der fodrer specifikke gavnlige mikrober) og probiotika (levende mikroorganismer med sundhedsmæssige fordele) kan berige tarmen med ønskværdige bakterier.
b) Antibiotikabrug:Antibiotika kan forstyrre tarmens mikrobielle balance ved at eliminere både patogene og gavnlige bakterier, hvilket skaber muligheder for opportunistiske mikrober til at kolonisere.
Sammenfattende afhænger overlevelsen af mikrober i den menneskelige tarm af deres modstandsdygtighed over for gastrointestinale forhold, deres interaktioner og konkurrence inden for det forskellige tarmøkosystem, de regulerende mekanismer i værtens immunsystem, værtsgenetiske faktorer og eksterne påvirkninger som kost og antibiotikabrug . Disse indviklede faktorer konvergerer for at bestemme, hvilke mikrober der med succes koloniserer og etablerer sig i tarmen.