* Mangel på en kerne: Både Archaea og bakterier mangler en membranbundet kerne, der huser deres genetiske materiale (DNA).
* Enkel cellestruktur: Begge er enkeltcellede organismer med relativt enkle interne strukturer sammenlignet med eukaryote celler.
* størrelse: Både archaea og bakterier er generelt små i størrelse, typisk kun et par mikrometer i diameter.
* Lignende udseende under et mikroskop: Under et mikroskop ser begge typer celler meget ens ud, mangler de komplekse interne strukturer, der ses i eukaryoter.
Fremskridt inden for molekylærbiologi, især analysen af ribosomalt RNA (rRNA), afslørede imidlertid signifikante forskelle mellem archaea og bakterier. Disse forskelle førte til omklassificering af archaea som et separat livsområde:
* forskellige rRNA -sekvenser: Archaea har en unik rRNA -sekvens, der er markant forskellig fra bakterier, hvilket indikerer en dybere evolutionær divergens.
* Forskellige cellevægsammensætning: Cellevæggene i Archaea er sammensat af forskellige molekyler end bakteriecellevægge.
* forskellige metaboliske veje: Archaea har unikke metaboliske veje, der ikke findes i bakterier, herunder evnen til at trives i ekstreme miljøer.
Dette molekylære bevis førte i sidste ende til det tre-domænesystem for klassificering, der adskiller livet i bakterier, archaea og eukarya.