Genetiske faktorer: Pygmæer har en genetisk mutation, der resulterer i et reduceret antal væksthormonreceptorer. Det betyder, at deres kroppe ikke reagerer så godt på væksthormoner, hvilket resulterer i langsommere vækst.
Ernæringsfaktorer: Pygmæer lever typisk i jæger-samlersamfund og har en kost, der er lav i kalorier og næringsstoffer. Dette kan også bidrage til deres korte statur, da underernæring kan hæmme væksten.
Miljøfaktorer: Pygmæer lever i et varmt og fugtigt klima, hvilket også kan bidrage til deres korte statur. Varmestress kan reducere produktionen af væksthormoner, og høje niveauer af fugt kan øge risikoen for infektion og sygdom, som begge kan hæmme væksten.
Det er vigtigt at bemærke, at ikke alle pygmæer er korte. Der er en vis variation i højden inden for pygmæpopulationen, og nogle individer kan være højere end gennemsnittet. Imidlertid er de ovenfor beskrevne faktorer hovedårsagerne til, at pygmæer generelt er korte i statur.