Demasi ryddet, men billeder i videnskaben tiltrækker fortsat intens granskning

Videnskabsreporter Maryanne Demasi blev i sidste måned renset for beskyldninger om forskningsfejl i forhold til hendes University of Adelaide Ph.D. afhandling udgivet i 2004.

Anklagerne blev undersøgt af et uafhængigt panel indkaldt af University of Adelaides kontor for forskningsetik, Overholdelse og integritet. Det bestod af en tidligere dommer ved Sydaustraliens højesteret og tre professorer i lægevidenskab, der ikke var knyttet til University of Adelaide.

Der var 17 påstande om billeder i Demasis afhandling. Spørgsmålet for panelet var, om billederne "var blevet duplikeret og/eller manipuleret på en måde, der afveg fra de gældende standarder på det relevante tidspunkt".

Alle de anfægtede billeder afbildede resultaterne af eksperimenter til påvisning af proteiner eller RNA-molekyler. Teknikkerne til at gøre dette er kendt som "western blot" og "northern blot", henholdsvis.

I 14 tilfælde fandt panelet, at der ikke havde fundet nogen billedduplikering sted. I de resterende tre sager "indrømmede Demasi, at hun havde duplikeret eller sandsynligvis duplikeret de relevante anfægtede billeder" - men panelet "kunne ikke være overbevist om, at duplikeringen udgjorde en afvigelse fra de gældende standarder på det relevante tidspunkt".

Det er ikke klart, om blot-billeder er i fokus for The Journal of Biological Chemistry 's udtryk for bekymring i 2017 vedrørende en af ​​Demasis videnskabelige artikler udgivet i 2003.

Demasi afviser på det kraftigste enhver form for forskningsforseelse i både hendes afhandling og forskningsartikler. Men hvad er western og northern blots? Og hvorfor tiltrækker de sådan opmærksomhed?

Påvisning af proteiner

Western blots detekterer proteiner, og er en almindeligt anvendt og følsom videnskabelig teknik. Det billede, de producerer, kan ligne en ubestemmelig snavs, men western blots er faktisk en meget nyttig måde at finde ud af et specifikt protein i en kompleks blanding af biologiske materialer, såsom blod eller væv.

Western blots bruges til diagnosticering af borreliose, for eksempel. Dette skyldes, at infektion med bakterien, der forårsager Lyme ( Borrelia burgdorferi ) efterlader et unikt fingeraftryk af proteiner i en patients blod.

Western blots gør det også muligt for forskere at bestemme ændringer i proteiner som reaktion på et lægemiddelregime. I mit eget laboratorium, Jeg kører rutinemæssigt western blots for at måle ændringer i proteinprofiler som reaktion på et kosttilskud, som vi afprøver til behandling af motorneuronsygdom.

Vestlig, syd, nordlige

Western blots er opkaldt efter placeringen af ​​det amerikanske laboratorium, hvor de først blev udført. Valget af udtrykket "western" er tilsyneladende i hyldest til de tidligere navngivne Southern (opkaldt efter Ed Southern) og northern blots, til påvisning af DNA og RNA, henholdsvis.

For at køre en western blot, en blanding af proteiner fyldes på en gel lavet af polyacrylamid, der tillader adskillelse af proteinerne i henhold til deres molekylvægt. Molekylvægt måles i kilodalton, eller kDa (dalton- eller atommasseenheden er defineret som 1/12 vægten af ​​kulstof-12-isotopen, eller ca. et hydrogenatom).

Når der påføres en elektrisk strøm, små proteiner bevæger sig relativt hurtigt gennem gelen, og større langsommere – resultatet er en stigelignende fordeling af proteinerne.

Efter dette, proteinstigen nedsænkes i en antistofopløsning og inkuberes. Når det overskydende antistof vaskes væk, du står tilbage med et "bånd", hvor dit antistof har bundet sig til dit protein af interesse.

Hvad skal man kigge efter

Fordi et western blot er designet til at detektere et protein ad gangen, billedet skal være tomt undtagen for din interessegruppe.

Nedenfor er en dårlig westernklat, som jeg forberedte tidligere. Nu, du burde være i stand til at identificere, hvad der er galt med denne – den har flere bånd, hvilket betyder, at antistoffet ikke er specifikt. Og selvom det er fristende at beskære ekstra bands og fremmede artefakter, Jeg burde virkelig tage tilbage til laboratoriet for at optimere dette.

Vigtigt, hver prøve, der køres på et western blot, er unik, så hvert prøvebånd skal også se anderledes ud.

En northern blot er et lignende koncept til western blot, men bruger almindeligvis prober til at detektere RNA i stedet for dem til at detektere proteiner. I Southern blot-teknikken, DNA påvises.

Stigende kontrol

Siden fremkomsten af ​​websteder som PubPeer, Western blots bliver i stigende grad undersøgt. Uafhængig blog Retraction Watch citerer snesevis af papirer, der angiveligt er blevet trukket tilbage for western blot-manipulation.

Western blots kan manipuleres på en række måder - ved at duplikere proteinbånd, eller ved at vende lodret eller vandret for at få genbrugte bånd til at se unikke ud. Duplikering udføres typisk ved hjælp af billedmanipulationssoftware, hvor det er lettere at skjule.

Manipulation kan spottes ved at lede efter artefakter såsom tydelige splejsninger, lignende båndformer, eller pletter og ridser, der overføres til duplikerede bånd.

Men at manipulere billeder hjælper ingen. Forskere er under intenst pres for at publicere eller omkomme, hvor videnskabelige publikationer i stigende grad bliver behandlet som valuta, der skal handles til forfremmelser eller embedsperiode.

Manipulering af billeder bidrager kun til mistillid til videnskaben, på et tidspunkt, hvor vi i stigende grad har brug for at forsvare det.

Denne artikel blev oprindeligt publiceret på The Conversation. Læs den originale artikel.